Twist Variant Libraries (基因突變體文庫) 之优势&应用
Twist Variant Libraries(基因突變文庫)之优势&应用
不同應用領域，始於同一起點 - 基因突變體文庫 (Variant Libraries)
Twist Bioscience 專有的寡核苷酸合成技術是一種獨特的創建文庫的方法。矽合成平臺生成優質的寡核苷酸池，用於在單個晶片上建立使用者確定的、完全定制的基因突變文庫。
Twist Bioscience 無與倫比的平臺還可以創建數千到數十億個特定變體。Twist在分子生物學領域的多年造詣和潛心建樹，確保您能發現更多需要的結果，所有文庫都會進行免費的 NGS 測序驗證，确保提供给您优质、有效，以及生成所需的所有变体。您大可放心，您所设计的就是您将得到的。
Variant Libraries應用
1. Protein engineering (蛋白工程)
2. Target Selection and Antibody Optimization (標靶選擇&抗體優化)
3. Synthetic Biology (合成生物學)
4. Enzyme optimization (酵素優化)
5. Epitope mapping (表位定位)
6. Enhancing expression and metabolic pathways (增強表達和代謝途徑)
Variant Libraries種類
1.
2.
3.
4.
Site Saturation Variant Libraries (SSVL，定點飽和突變文庫)
Twist 的定點飽和突變體文庫可讓您研究序列与蛋白质结构和功能之间的关係。這些文庫能生成 99% 的所需突變，並且提供Pool (All in one tube) 或Array (96 well plate) 兩種型式。它們能夠在每個位置篩選 1–20 種不同胺基酸（和最多 64 個密碼子），並對序列各突變體進行全面研究。
| Error-prone PCR | NNK/NNS | Twist 定點飽和突變體文庫 | |
| 消除序列偏差 | 否 | 否 | 是 |
| 能用的密码子数量 | 未知 | 32 | 全部64 |
| 避免多餘的尘辞迟颈蹿蝉 | 否 | 否 | 是 |
| 可进行密码子优化 | 否 | 否 | 是 |
| 避免终止密码子出现 | 否 | 否 | 是 |
▲與傳統方法（如：Error-prone PCR和 NNK 法）不同，SSVL可消除序列偏差和不需要的取代。TRIM 的重複產率很低，導致典型文庫中全長產物 < 50%，而 Twist 文庫能產生更多可用變異，增加了有效文庫大小。
▲定點飽和突變體文庫(SSVL)能夠在篩選分析中高效地採集蛋白質序列樣本。上圖是一個在 65 個位點都有突變體（每個位點 19 個突變體）的 Twist 定點飽和突變體文庫數據。各條形代表不同的胺基酸位置，每種顏色表示觀察到的突變體頻率。所有突變體所佔的比例都符合預期。
厂厂痴尝特点：
1. Precisely Crafted Variant Libraries (精確構建基因突變文庫)
．全面控制密碼子使用頻率（全部 64 個密碼子均可用）
．各位点突变表达具有高度均一性
．无多餘密码子或提前出现的终止密码子
2. Verified Quality (品质经过验证)
．严格的品质控制
．通過 NGS 驗證變異表達的一致性
．品质均一化后表达每个位点
3. Flexibility (灵活性)
．96 孔板中每孔一個位置或單個試管中彙集的所有位置
．在每個位置篩選 1 到 20 種不同的胺基酸
SOLD (Spread-Out Low Diversity) Libraries (SOLD，精準多樣性散點突變基因文庫)
Twist 的 SOLD 文庫是一款经济、省时的蛋白质序列比对工具，使您能够探索蛋白质序列与其功能之间的复杂关係。它可以使散佈在原始序列(Wild type)中的多個位置同時發生突變，且對這一序列進行定向探索，以生成多樣化的蛋白質庫。 這些高保真文庫可快捷、經濟地替代 NNK、三聯核苷酸誘變 (TRIM) 技術、Error-prone PCR、隨機誘變和 DNA 改組等技術。與組合突變體文庫 (CVL) 不同的是，SOLD 文庫可在原始序列(Wild type)各處精準地納入多樣性突變，而沒有突變體結構域限制。此外，SOLD 文庫還可讓您同時探索多種突變，而定點飽和突變體文庫 (SSVL) 則不然。
厂翱尝顿特点：
1. Flexibility (灵活性)
．灵活性比传统方法更高
．适用於多样性分散的位点
．无需模板(迟别尘辫濒补迟别)
2. Precision (精準度)
．无提前出现的终止密码子或多餘密码子
．胺基酸和密码子控制精确
．比 NNK、TRIM 和 epPCR 等傳統方法更精確
3. Superior Quality (高品质)
．SOLD 文庫包括修飾區域的 NGS 驗證
．严格的品质控制，所有變體均經過驗證
．各变异位点胺基酸分佈均匀
Combinatorial Variant Libraries (組合突變體文庫)
组合突变体文库目的在推动并发现能够表达出具有更高稳定性、更高结合力和更高酵素活性的分子。無論是抗體人源化文庫，還是複雜性受控的發現文庫 (Controlled complexity discovery libraries)，我們的基因突變體ORF都可以順利整合到單個或多個序列中，生產出 >10 10 的突变体。
| NNK/NNS | TRIM/TRIMER 控制 | Twist 定點飽和突變體文庫 | |
| 消除序列偏差 | 否 | 否 | 是 |
| 能用的密码子数量 | 未知 | 32 | 全部64 |
| 避免多餘的尘辞迟颈蹿蝉 | 否 | 否 | 是 |
| 可进行密码子优化 | 否 | 否 | 是 |
| 避免终止密码子出现 | 否 | 是 | 是 |
CVL特点：
1. High Diversity Precision (高多样性和精準度)
．轻鬆地将多个变异结构域整合到一个或多个支架中
．精确控制密码子使用频率（全部 64 个密码子）、胺基酸分佈和长度变异
2. Verified Quality (品质经过验证)
．严格的品质控制，包括使用 NGS 对改造区域的验证
．记录序列变异率
．用户定义的变异分佈均匀
．无提前出现的终止密码子或多餘密码子
3. Flexibility (灵活性)
．设计所有序列、单个或多个结构域以及组合 — 单点变异、双重变异或叁重变异
．模组化合成系统使得可以对未来文库进行反覆运算
．比 TRIM 和NNK方法更灵活
高度多样化的文库
使用消除了序列偏差和多餘基序 (motif) 的更廣泛且高度多样化的文库，優化您的抗體和蛋白質篩選實驗。開展您需要的研究， 无需浪费时间反復进行多轮筛选，可利用这些时间来研究更多序列，找出您所关注领域内的更多候选分子。另外，您可以放心，这些文库不会提前终止转译，因為 Twist 文库不含非预期的终止密码子。
Combinatorial Assembly Libraries (組合組裝文庫)
與 Twist Bioscience 合作，憑藉我們的組合組裝文庫，通過大規模、高度多樣化的 T 細胞受體 (TCR)、嵌合抗原受體 (CAR) 和多特異性 VHH 文庫，識別和開發新型先進細胞療法(advanced cell therapies)。
组合组装文库通过无缝组装多个变体域，快速创建文库，这些文库能够對新的以及已知的變體進行高通量篩選和表徵 (characterization)，以进行治疗研发。
利用您定制的 (customized) 基因部分，Twist Bioscience 將创建高度均一的组合组装文库，您可以使用這些文庫來篩選並識別 TCR、CAR 或抗體 VHH/scFv 結構域內定制基因部分的所需組合。
CAL特点：
1. High Diversity Libraries (高多样性文库)
．每個組合組裝可以由多達 10,000 個基因片段組合而成
2. Customize Your Libraries&苍产蝉辫;(客製化您的文库)
．TCR：在 α 和 β 鏈中插入您定義的組合變體
．?CAR：在鉸鏈區 (hinge domain)、跨膜區 (transmembrane domain) 和訊號域 (signaling domain) 插入您定義的組合變體
3. High Quality (高品质)
．文庫均經過 NGS 驗證，其中 > 90% 的可能變異在平均值的10 倍內出現
4. High Throughput (高通量)
．按照規模設計的文庫，具有跨序列多個元素的多樣性 (diversity across multiple elements of the sequence)
5. Flexible (灵活性)
．按照規模設計的文庫，具有跨序列多個元素的多樣性 (diversity across multiple elements of the sequence)
使用組合組裝文庫的 T 細胞受體 (TCR) 研發工作流程
組合組裝文庫可用於快速生成 TCR β 和 α 鏈的陣列 (arrayed) 和匯集 (pooled) 組合，用於高通量篩選和針對腫瘤新抗原的 TCR 鑑定。
%20workflow%20using%20Combinatorial%20Assembly%20Libraries.png)
使用組合組裝文庫的嵌合抗原受體 (CAR) 研發工作流程
CAR 架構的每個結構域都獨立而又協同影響 CAR 的功能。組合組裝文庫可用作微調每個模組的工具，以揭示相互依賴性，並更好地了解對 T 細胞特異性、抗原識別和 T 細胞功能的影響。
%20Discovery%20workflow%20using%20Combinatorial%20Assembly%20Libraries.png)
當您與 Twist Bioscience 合作為 TCR 研發和 CAR T 開發定制靈活的文庫時，您可以期待：
．準备筛选的组合文库是真实的数据集，由每个可能的可变域组成，并且被精确地合成為片段&苍产蝉辫;
．可选择更换架构组件并轻鬆进行测试
．能夠自由混合亞基 (subunit)，從而發現可以精確引起所需免疫反應的新組合。
．處理較小的組件文庫 (CAR) 並針對新目標 (TCR) 進行篩選
．NGS 驗證文庫，讓您準確了解正在篩選哪些變體，並可以更快地進行文庫設計的下一次迭代 (iteration)
相关产物文章：
1. Twist Gene Fragments & Clonal Genes 之優勢及應用
2. Twist Oligo pools (寡核苷酸池)之優勢及應用
若有興趣，請加入9I果冻制作厂平台官方Line@ ID: @abreal 或联络specialist@abrealbiotech.com，我们将尽快為您服务！
